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浪潮助力 中国基因测序产业化

作者:dostor出处:博客2014-08-21 08:29

  日前,国家食药总局批准了两款基因测序仪及检测试剂盒,这是自政府出台“二月禁令”后,首次批准基因测序技术可以进行临床应用,政府政策的松绑引发了大批资本对该市场的觊觎。据统计,2013年中国对于测序仪及试剂的投入总额超过20亿元,中国庞大的市场蛋糕早已引发基因测序厂商的高度重视。

  近日,中国最大的服务器厂商浪潮为国产基因测序仪厂商中科紫鑫设计构建了高性能计算集群,用于提供面向全国的基因测序分析云服务。据悉该集群将可承担20到40台新一代国产自主基因测序仪在全国范围试运行期间的所有测序分析服务。

  人类基因是一种非常重要的战略性资源,不能单从资本利益来衡量其价值。从20世纪90年代“人类基因组工程”计划启动之日起,美国、日本和欧洲等国家已经意识到人类基因的战略地位并抢先纷纷注册基因专利,所以谁拥有最多的人类基因谁就能在未来基因诊断、基因医疗技术方面拥有绝对话语权。而对于13亿人口大国的中国来说,拥有自主研发基因测序仪技术和产品将成为未来中国基因产业发展的必由之路。

  中科紫鑫是紫鑫药业和中科院北京基因组研究所在技术研发合作框架下成立的独立公司,致力于研制开发我国自主基因测序技术,其研发的国产新一代基因测序仪是国内目前唯一一个技术性能可以匹敌国际市场主流产品的国产基因测序系统,其测序长度(读长)达到500-1000bp,为目前二代测序仪中最高水平。

  基因测序技术应用需要对海量、复杂、多变的数据进行分析计算,因此需要高性能计算机来进行基因数据的统计和分析。每个人有23对染色体,这些染色体中包含的DNA由ATCG不同碱基序列构成,数量共计达30亿。对人进行全基因组测序产生的海量数据,必须通过高性能计算机来进行处理分析才能得到对个体医疗诊断分析有益的结果。

  据专业人士介绍,基因测序分析对高性能计算机的计算性能、内存容量、数据带宽等要求很高,同时还必须支持完善的基因测序分析工作流。浪潮为中科紫鑫设计构建的高性能计算集群是专门针对基因测序应用定制设计的专用机。专用机采用了刀片服务器、胖节点作为计算平台,并行存储系统用于提升数据带宽,采用万兆网络提升通讯效率,并充分考虑了应用特点定制开发了基因测序工作流软件。

  浪潮近年来一直在生命科学领域高性能计算进行持续的技术和应用投入,目前在国内外拥有众多的生命科学典型案例。浪潮联手中央电视台拍摄了《走进科学》超算系列片,对高性能计算在基因方面的应用进行了全面介绍。除高性能计算硬件系统设计供应能力外,浪潮还拥有一支专业的应用专家团队,在对生命科学应用支持以及对GPU、MIC等新型架构移植优化取得了显著效果。浪潮与中科院联合研发的基于MIC平台的生命科学应用软件ATOM,在全球超算大会SC上作为世界5个MIC成果之一进行了展示。

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责任编辑:郑亮

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